Aber nicht alle im Garten anfallenden Pflanzenabfälle sind für eine Kompostierung geeignet. Nicht geeignet sind vor allem Pflanzen und Pflanzenteile, die von hartnäckigen Pflanzenkrankheiten oder Schädlingen befallen sind. Denn die Erreger dieser Erkrankungen bilden häufig widerstandsfähige Dauersporen aus, mit denen sie lange im Boden und Kompost überdauern können. Beim Ausbringen des Kompostes würden die Erreger sonst wieder verschleppt und weiterverbreitet.
Vor allem Erreger, die eine Fäule im Wurzel- oder Stängelbereich und Welkeerkrankungen verursachen, sollten nicht kompostiert werden. Hierzu zählen Erkrankungen wie die Asternwelke, Cylindrocladium-Triebsterben an Buchsbaum, Kohlhernie, Fusarium- oder Sklerotinia-Fäule an Gemüse oder Wurzelfäulen an Erdbeerpflanzen. Ähnlich ist es mit Schädlingen, die im Boden leben oder überdauern, wie zum Beispiel Nematoden und Gemüsefliegen. Von Viren befallene Pflanzen sowie samentragende Unkräuter und Wurzelunkräuter, wie etwa Quecke und Giersch, gehören ebenfalls nicht auf den Kompost.
Bei Krankheits- oder Schädlingsbefall an Blättern und Früchten, wie Schorf, Mehltau, Blattfleckenkrankheiten oder Blattlausbefall, ist eine Kompostierung hingegen möglich, wenn die kranken Pflanzenteile sofort mit Erde oder anderem dichten Material, wie beispielsweise Grasschnitt, abgedeckt werden, was eine Verbreitung der Erreger, zum Beispiel durch Sporen, verhindert. Ein Überleben dieser Sporen im Kompost ist bei einer sachgemäßen Kompostierung infolge der Verrottungsvorgänge dann nicht zu erwarten.
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